個人的にはいつも種もワタも丸ごと加熱して、スープに入れています。(茶色い皮も一緒に入れています。
種は大量に入れるとちょっと砂っぽい食感になることもありますが、苦味はあまり無いように思います。

もしかしたらかぼちゃによる個体差かもしれません。
下記ネットで出てきた物で、種に限らずかぼちゃ本体に関しての記事ですが、苦味は注意のようです。

「かぼちゃには毒性がありますか？
苦味のあるかぼちゃには食中毒を起こすものもあり、時に重症化することもある。 有毒なかぼちゃには強い刺激性の苦味物質ククルビタシン類が含まれ、摂取直後に、消化器系の痛み、吐き気、嘔吐、時には血の混じった下痢、さらには入院が必要な重度の脱水症状を起こすことがある。 当該物質は加熱調理しても持続する。」

との事です。

あと、経験談で毒性は分かりませんが、黄色く変色した皮を入れると、土臭くまずくなってしまいます。

ご参考まで。